| Umfangreiches Laborhandbuch | GitHub | NA | Ein umfangreiches, regelmäßig aktualisiertes Laborhandbuch finden Sie in der " Optogenetische Chemostat-Dateien" GitHub-Repository (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files). Dazu gehört auch eine Beschreibung des mikrofluidischen Werkzeugs, mit dem die repräsentativen Ergebnisse generiert wurden. |
| Fritzing Design Viewer | Fritzing | NA | Die kostenlose, quelloffene Software zum Betrachten und Bearbeiten von Leiterplattendesigns vom Typ .fzz ist unter "http://fritzing.org/download/" |
| Arduino Uno R3 (Atmega328 - montiert) | Adafruit | | 50 Mikrocontroller verfügbar. 1 erforderlich. |
| Arduino Stackable Header Kit | SparkFun Electronics | 10007 | Stiftleisten für den Anschluss der Leiterplatte an den Mikrocontroller. 1 erforderlich. |
| Einstellbarer 30W 110V Lötkolben - XY-258 110V | Adafruit | 180 | Zum Herstellen von elektrischen Verbindungen zur Leiterplatte. 1 erforderlich. |
| Lötkolbenständer | Adafruit | 150 | Zum Herstellen von elektrischen Verbindungen zur Leiterplatte. 1 erforderlich. |
| Mini-Lötspule - 60/40 Blei Kolophonium-Kern Lot 0,031" Durchmesser - 100g | Adafruit | 145 | Zum Herstellen von elektrischen Verbindungen zur Leiterplatte. 1 erforderlich. |
| 0,1 μ F Kondensator | SparkFun Electronics | COM-08375 | Stabilisiert die Spannung in der Leiterplatte. 1 erforderlich. |
| 10 μ F-Kondensator | SparkFun Electronics | COM-00523 | Stabilisiert die Spannung in der Leiterplatte. 1 erforderlich. |
| MAX7219CNG LED-Matrix-/Ziffernanzeigetreiber - MAX7219 | Maxim | MAX7219CNG | LED-Treiber. 1 erforderlich. |
| 8 Pin IC Sockel | Mouser Electronics | 575-144308 | 16 erforderlich. Diese werden übereinander gestapelt, um das Kulturgefäß über der LED-Matrix zu stützen. |
| 24 Pin IC-Sockel | Mouser Electronics | 535-24-3518-10 | Optional. Verwenden Sie diese Option, um den MAXIM 7219CNG-Treiber reversibel an die Leiterplatte anzuschließen. |
| Digitalmultimeter | Adafruit | 2034 | Zur Fehlersuche in der Elektronik. 1 erforderlich. |
| Break-Away-Stiftleisten - 40-poliger Stecker (lang zentriert, PTH, 0,1") | SparkFun Electronics | PRT-12693 | Stiftleisten für den Anschluss von LED-Matrix an die Leiterplatte. Die Enden können mit einem Drahtschneider abgeschnitten werden. 1 Satz erforderlich. |
| Bündiger Seitenschneider | Adafruit | 152 | Zum Trimmen langer Stiftleisten und Schneiden von Stromkabeln. 1 erforderlich. |
| Premium-Buchse/Buchse Überbrückungsdrähte - 40 x 12" (300 mm) | Adafruit | 793 | Drahtband zum Anschluss des Steckbretts an die LED-Matrix. Kann Ende-zu-Ende mit Stiftleisten verbunden werden, um länger zu sein. 1 erforderlich. |
| Half-Size Breadboard | Adafruit | 64 | Die LED-Matrix wird mit diesem verbunden und das Kultivierungsgefäß ruht darüber. |
| Miniatur 8x8 Blue LED Matrix | Adafruit | 956 | Lichtquelle. Die dominierende Wellenlänge beträgt 470 nm (blau). 1 erforderlich. Alternative Miniatur-LED-Matrizen desselben Herstellers sind mit dominanten Wellenlängen erhältlich: 624 nm (rot), 588 nm (gelb), 525 nm (grün), 572 nm (gelb-grün) und weiß. |
| Stapelbarer Header-3-polig | SparkFun Electronics | 13875 | 8 erforderlich. |
| Widerstandssatz - 1/4W (500 insgesamt) | SparkFun Electronics | 10969 | Für Elektronik. 1 erforderlich. |
| IRL520N MOSFET | International Rectifier | IRL520N | Spannungsregelschalter zur Steuerung des Gleichstroms. 4 erforderlich. |
| Hook-Up Wire - Sortiment (Solid Core, 22 AWG) | SparkFun Electronics | PRT 11367 | Draht für Elektronik. 1 benötigt. |
| 5V 2A (2000mA) Schaltnetzteil - UL Listed | Adafruit | 276 | Netzteil für das Heizkissen und Arduino. 2 erforderlich. |
| 12 VDC 1000mA geregeltes Schaltnetzteil - UL-gelistetes | Adafruit | 798 | Für Schlauchpumpen. 2 erforderlich. |
| Elektrisches Heizkissen - 10cm x 5cm | Adafruit | 1481 | Zum Heizen des Bioreaktors. 1 erforderlich. |
| Schlauchpumpe mit variablem Durchfluss mit niedrigem Durchfluss | Fisher Scientific | 13-876-1 | Zum Pumpen von Medien. 1 erforderlich |
| Schlauchpumpe mit mittlerem Durchfluss mit variablem Durchfluss | Fisher Scientific | 13-876-2 | Zum Pumpen von Kulturen. 1 erforderlich. |
| 9 VDC 1000mA geregeltes Schaltnetzteil - UL-gelistetes | Adafruit | 63 | Für die Stromversorgung von Mikrocontrollern. Anordnung 1. |
| Wasserdichter Hochtemperatur-DS18B20 Digitaler Temperatursensor + Extras | Adafruit | 642 | Thermometer für den Bioreaktor. 1 erforderlich. |
| Micromanager | Micromanager | NA | Die kostenlose, quelloffene Software zur Steuerung von Mikroskopen ist unter "https://micro-manager.org/wiki/Download_Micro-Manager_Latest_Release" erhältlich |
| . | FIJI ImageJ | NA | Die kostenlose, quelloffene Bildanalysesoftware ist unter "http://fiji.sc/" |
| erhältlichArduino Integrated Development Environment | Arduino | NA | Die kostenlose, quelloffene IDE ist unter "https://www.arduino.cc/en/Main/Software" |
| Custom Code | GitHub | NA | verfügbar. Der benutzerdefinierte Mikrocontroller-Code und das "Bioreactor Controller"-Plugin sind in der " Optogenetische Chemostat-Dateien" GitHub-Repository (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files). |
| USB-Kabel A auf B - 6 Fuß | SparkFun Electronics | CAB-00512 | Wird zum Herunterladen von Daten auf den Mikrocontroller verwendet. 1 erforderlich. |
| bioreactorTimecourse_example.csv | GitHub | NA | Der Vorteil des Ladens von LED-Matrixwerten aus einer CSV-Datei besteht darin, dass ein Programm vom Plugin aufgerufen werden kann, um diese Werte basierend auf den Bildanalyseergebnissen zu aktualisieren, und diese Werte können wieder auf den Mikrocontroller geladen werden, was eine Rückkopplungssteuerung ermöglicht. Es ist verfügbar über die " Optogenetische Chemostat-Dateien" GitHub-Repository (https://github.com/McCleanResearch/Optogenetic-Chemostat-Files). |
| Tota-Frost-Gele (Diffusionspapier) | B& H | B& F H # LOFSFTL MFR # T1-72 | Für LED-Matrix. 1 erforderlich. |
| Kitting Sheet Crosslink 1/4x12x24in | Grainger, inc | 20JL37 | Schwarzer Schaumstoff für die Einhausung von Zuchtgefäßen. 4 erforderlich. |
| Standard-Fotodioden-Leistungssensor, Si, 200 - 1100 nm, 50 mW | Thorlabs | S120VC | Zur Messung der Lichtintensität. 1 erforderlich. |
| Beschriftungsband | Fisher Scientific | 159015N | Zum Etikettieren und Sichern von losen Bauteilen. 1 erforderlich. |
| Kompaktes Leistungs- und Energiemesspult, Digital 4" LCD | Thorlabs | PM100D | Zur Messung der Lichtintensität. 1 erforderlich. |
| 100 mL GL45 Hybridisierungs-Glasflasche | Bellco Glass, Inc. | (7910-40150) | Bioreaktorbehälter. 1 erforderlich. |
| Montage mit sechs Anschlüssen | Bellco Glass, Inc. | Benutzerdefiniert | Für das Bioreaktorgefäß. Schlauchspezifikationen: .125" OD x .055" ID. Anschluss A: 1,0" lang über dem Kappen-Slug und bis zum Boden des Rohrs. Anschlüsse B,C,E,F: 1,0" lang über dem Kappenslug, 33 mm lang unten. Anschluss D: 1,0" lang über dem Kappen-Butzen, 65 mm Lange unten. 1 erforderlich. Enthält einen offenen Schraubverschluss aus Polypropylen mit einem Durchmesser von 45 mm und eine weiße Silikondichtung, um eine dichte Abdichtung zwischen der Kappe und dem Gefäß zu gewährleisten. |
| Scotch Magic Tape 3105, 3/4 x 300 Zoll, 3er-Pack | Amazon | B0009F3P3U | Clear Scotch Tape. Dies ist bei vielen anderen Anbietern erhältlich. Es wird verwendet, um Markierungen auf dem Kulturgefäß abzudecken und das Deckglas mit der PDMS-Schiene am Aluminium-Stützrahmen zu befestigen. |
| 1/16" ID x 3/16" OD x 1/16" Wand Tygon Sanitär Silikonschlauch | Vereinigte Staaten Plastic Corp. | 57288 | Schlauch. ~25' erforderlich. |
| Cole-Parmer Twistit weißer Gummistopfen, Größe 10 | Cole-Parmer | EW-62992-32 | Medienkolbenstopfen und Abwasserkolbenstopfen. 2 erforderlich. |
| 2L Laborkolben | Pyrex | 4980 | Medienkolben und Abwasserkolben. 2 erforderlich. |
| Tag-Pinchhahn | Fisher Scientific | 5867 | Zum Klemmen von Schläuchen. 3 erforderlich. |
| Ersatzschlauch 1/16" ID | Rückverfolgbare Produkte | 3372 | Die Schlauchpumpen werden mit einem Satz Schläuche geliefert, die jedoch nach wochenlangem Gebrauch verschleißen. |
| Ersatzschlauch 1/50" ID | Rückverfolgbare Produkte | 3371 | Die Schlauchpumpen werden mit einem Satz Schläuche geliefert, die jedoch nach wochenlangem Gebrauch verschleißen. |
| Luer-Stecker mit Sicherungsring x 1/16" Schlauchtülle, Nylon, 25/pk | Cole-Parmer | EW-45505-00 | Anschlüsse. ~10 Luer sind erforderlich. |
| Luer-Stecker mit Sicherungsring x 1/8" Schlauchtülle, Nylon, 25/pk | Cole-Parmer | EW-45505-04 | Anschlüsse. 5 erforderlich, eines für jedes Gummistopfenloch zum Befüllen mit Schlauch. |
| Luer-Buchse x 1/16" Schlauchtülle, Nylon, 25/pk | Cole-Parmer | EW-45502-00 | Anschlüsse. ~10 Luer erforderlich. |
| Luer-Buchse x 3/16" Schlauchtülle Adapter | Cole-Parmer | EW-45502-08 | Anschlüsse. ~10 Luer erforderlich. |
| Cole-Parmer Luer-Zubehör, weibliche Luer-Kappe, Nylon, 25/pk | Cole-Parmer | SC-45502-28 | |
| Cole-Parmer Luer-Zubehör, männlicher Luer-Lock-Stecker, Nylon, 25/pk | Cole-Parmer | EW-45505-56 | |
| PTFE-Schlauch mit Mikrobohrung, 0,022" ID x 0,042" AD, 100 ft/Rolle | Cole-Parmer | EW-06417-21 | Schlauch. 1 Rolle erforderlich. |
| Masterflex platingehärteter Silikonschlauch, L/S 13, 25 ft | Cole-Parmer | EW-96410-13 | Schlauch. ~25' erforderlich. |
| 3/16" ID x 1/4" OD x 1/32" Wand Tygon Sanitär Silikonschlauch | Vereinigte Staaten Plastic Corp. | 57293 | Schlauch. ~1' erforderlich. |
| Vakuumfilter | Fisher Scientific | 974107 | Nalgene Vakuumfilter für sterile Filtermedien. |
| Aquel Oxy-Boost 200 | Rena Aquatic Supply | AP200 | Doppelmembran-Luftpumpe mit einstellbarem Durchfluss zum Belüften und Mischen von Medien. 1 erforderlich. |
| 0,2 μ m Poren-Spritzenvorsatzfilter | Corning International | 431229 | Dadurch wird sichergestellt, dass die Luft aus der Aquarienpumpe das Gerät nicht verunreinigt. 1 erforderlich. |
| Slygard 184 Silikon-Elastomer-Kit | Dow Corning | Slygard 184 | Für mikrofluidische Geräte. 1 erforderlich. |
| Amerikanischer Rasierhobel GEM Scientific Einschneidige Rasierklingen | Fisher Scientific | 17989000 | Zum Schneiden von Rohren und PDMS. 1 Klinge erforderlich. |
| Harris Uni-Core Locher 1,2 mm ID | Sigma-Aldrich | WHAWB100028 ALDRICH | Zum Stanzen von Ein-/Auslass in mikrofluidischen Geräten. 1 erforderlich. |
| Mikroskop-Deckglas 22x60-1.5 | Fisher Scientific | 12-544-G | Für mikrofluidische Geräte. 1 erforderlich. |
| Rechteckiger Aluminiumrahmen mit quadratischem Fenster | Custom | Custom | Zur Unterstützung des mikrofluidischen Kanals. Außenmaße: 3 Zoll x 1,25 Zoll. Innenmaße (ausgeschnittener Teil): 7/8 Zoll x 7/8 Zoll Dicke: ~1/32 Zoll |